Falsano i dati per dimostrare che il modello animale è predittivo per le malattie infiammatorie

Nel 2013, venne pubblicato su Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS) un articolo a nome di Junhee Seok e colleghi che faceva notare, tramite un’analisi dei geni, che il modello animale non era predittivo per l’uomo nell’ambito delle malattie infiammatorie [1].

L’anno dopo uscì, sempre su PNAS, una risposta da parte di Keizo Takao e Tsuyoshi Miyakawa, secondo cui invece i pattern di espressione genica nei modelli murini ricapitolavano bene quelli umani [2].

Leggendo però la risposta, si nota come questa conclusione derivi da una deliberata, volontaria quanto arbitraria esclusione dei dati “scomodi”. Vi è scritto, infatti:

“To identify the signals/signs of the similarities with higher sensitivity, genes that do not show significant responses to the experimental manipulations must be excluded from the analyses, because those nonresponsive genes would simply produce noise in the correlation analysis.”

Ovvero, in italiano:

“Per identificare i segnali/segni di somiglianza con una sensibilità più alta, i geni che non mostrano risposte significative alle manipolazioni sperimentali devono essere esclusi dalle analisi, perchè quei geni non responsivi produrrebbero semplicemente rumore nell’analisi di correlazione.”

E anche:

“Assuming that mouse models would mimic only partial aspects of human disorders, inclusion of genes that showed no significant response to the stimulus would generally decrease the sensitivity to detect the responses shared by the disorders and their models. For this reason, we excluded such genes from our analysis.

Che significa, in italiano:

“Assumendo che i modelli murini mimino solo aspetti parziali delle malattie umane, l’inclusione dei geni che non mostrano risposte significative allo stimolo, abbasserebbe la sensibilità nel rilevare le risposte condivise dalle malattie e dai loro modelli. Per questa ragione, abbiamo escluso questi geni dalla nostra analisi.

Nel dicembre del 2014, sempre su PNAS, appare una contro-risposta all’articolo di Takao e Miyakawa [3], al cui interno si afferma che:

“Gli autori [Takao e Miyakawa, N.d.T.] hanno usato filtri e approcci per selezionare e massimizzare le somiglianze, al contrario di eseguire un’analisi ampia del genoma per le malattie umane.”

Nell’abstract dello stesso testo, leggiamo inoltre:

“Nonostante i diversi approcci utilizzati da Takao e Miyakawa (1), i loro risultati in realtà supportano la conclusione che “le risposte genomiche nei modelli murini mimano miseramente le malattie infiammatorie umane” (2). Questo può essere compreso meglio mediante l’esempio fornito da parte degli autori: “13.586 e 3.116 geni sono cambiati (P <0.05 e fold-change> 1.2) in condizioni di ustioni umane e nei modelli murini di infezione, rispettivamente, e 1.992 tra essi sono comunemente cambiati sia negli esseri umani che nei topi, tra cui 1.608 geni cambiati nella stessa direzione (Fig. 2E)” (1). Pertanto, tra i 13.586 geni cambiati nella malattia umana, il modello può riflettere solo 1.608 (ovvero il 12%) correttamente in una certa misura. L’appropriata conclusione dovrebbe essere che le risposte genomiche nei modelli attuali mimano pressappoco il 12% dei geni nelle malattie infiammatorie umane. Non importa la branca della scienza, questo risultato indica un modello misero perché lascia quasi il 90% dei geni nella malattia umana non mimato nel modello.

Riferimenti bibliografici:

1. [Seok J. et al. Genomic responses in mouse models poorly mimic human inflammatory diseases. Proc Natl Acad Sci U S A. 2013 Feb 26;110(9):3507-12.]

2. [Takao K, Miyakawa T. Genomic responses in mouse models greatly mimic human inflammatory diseases. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014 Aug 4.]

3. [Warren HS, Tompkins RG, Moldawer LL, Seok J, Xu W, Mindrinos MN, Maier RV, Xiao W, Davis RW. Mice are not men. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014 Dec 24.]

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